Біологічний факультет

Харківський національний університет імені В.Н.Каразіна V.N.Karazin Kharkiv National University

Головна сторінка

Про факультет

Абітурієнту

Бази практики

Навчальний процес

Наукова робота

Студентське життя

Інтернет-біоресурси

Біоінформатика


Колекції баз даних та інструментів				Навчання он-лайн
Колекція баз даних NAR The Bioinformatics Links Directory Колекція ресурсів NCBI Глобальний пошук NCBI Колекція сервісів EMBL-EBI Колекція сервісів ExPASy Енциклопедія KEGG SoftBerry Resources HSLS Online Bioinformatics Resource Collection HarvesterPortal				NCBI-Training & Tutorials NCBI-educational resources NCBI-how to use NCBI-YouTube video EMBL-EBI Training Ensembl Tutorials UCSC-traning PDB-educational resources PDB-screencasts
Шляхи обміну речовин та сигналінгу
				Енциклопедія KEGG Reactome PANTHER NetPath Brenda Enzymes Cofactors MENTHA - Molecular Interactions IMID - Integrated Molecular Interaction Database String-Protein Interactions DIP - Protein Interactions
Геноміка та протеоміка
Геномні браузери		Ensembl (E!) UCSC H-inv
Бази даних		NCBI Gene UniProt DB HGNC GeneCards
Вирівнювання послідовностей та філогенетика
				BLAST NCBI BLAST/BLAT Ensembl BLAT-UCSC	Пошук гомологів та парне вирівнювання
				Cobalt-NCBI Clustal-omega T-Coffee collection MUSCLE Phylogeny collection	Множинне вирівнювання та філогенетика
Структурна біоінформатика
Бази даних: структура білків і функціональні сайти		Protein Data Bank (PDB) Pfam Protein Information Resource PROSITE SIB Resources CATH Gene3D
Передбачення 3D структури та докінг		Swiss-PDB-Viewer CSA-structural alignment I-Tasser Robetta Expasy-collection Bioinformatics Toolkit
Аналіз генної онтології				Дослідження мікроРНК
	AmiGO QuickGO DAVID GeneCodis GOEAST Webgestalt	>> Функціональний аналіз генів з екзонізованою ALU послідовністю/ Доповідь-презентація Т.В.Бараннік на 10-му біохімічному з'їзді, 2010, Одеса		miRBase DianaLab miRWalk miRecords miRror Targetscan-human miROrtho mimiRNA miR-ontology	>> Дослідження мікроРНК / Доповідь-презентація Т.В.Бараннік на 1-му з'їзді з Медичної та біологічної інформатики, 2010, Київ
Світові центри біоінформатики				Міжнародні проекти
International Nucleotide Sequence Database Collaboration The National Center for Biotechnology Information (NCBI) European Bioinformatic Institute (EMBL-EBI) Kyoto University BGI (China) Wellcome Trust Sanger Institute (UK)				1000genomes Human Proteomic Initiative Human Metabolome Project Cancer genome project European Commission -omics initiatives On-line Research Resources

Доповіді на ХІ Українському біохімічному конгресі у Києві, жовтень 2014 р.: >> стендова доповідь студентки біологічного факультету Сапожникової Валерії (БХ-41) >> Усна доповідь доц.Бараннік Т.В. .				>> PERSPECTIVES OF DATABASES AND PROGRAM TOOLS DEVELOPMENT IN BIOINFORMATICS / Пленарна доповідь Бараннік Т.В. на Міжнародній конференції:, TAAPSD'2010, Kiev

>>Огляд ресурсів біоінформатики

---------

Презентація з біоінформатики >>

------------------

Практичні заняття з Системної біології

Практ.заняття -1

Практ.заняття -2

Практ.заняття -3

Практ.заняття -4

>Список генів

Практ.заняття -5

>список генів-БХ

>список генів-БГ

>список генів-БМ

>список генів-БФ

Практ.заняття -6

Практ.заняття -7

Практ.заняття -8

Практ.заняття -9

Практ.заняття -10

Практ.заняття -11-1

Практ.заняття -11-2

Практ.заняття -12

>>модель
BIOMD0000000007

>>модель
BIOMD0000000107

--------------------

Індивідуальне завдання з Системної біології
(БХ-БГ-БМ-БФ)

------------------------

Запрошуємо
студентів 1-2 курсу на науковий гурток
з біоінформатики !
Заняття проходять
на кафедрі біохімії
(ауд.ІІ-9, ІІ-5)

Завдання №4>>

>>Файл для вирівнювання

Завдання №3>>

Приклад
завдання №3>>

Завдання №2>>

Приклад
завдання №2>>

Завдання №1>>

Таблиця для
завдання №1>>

Електронна адреса відповідального за сайт факультету : tbarannik[at]karazin.ua