Біологічний факультет

Харківський національний університет імені В.Н.Каразіна V.N.Karazin Kharkiv National University

Головна сторінка

Про факультет

Абітурієнту

Бази практики

Навчальний процес

Наукова робота

Студентське життя

Інтернет-біоресурси

Біоінформатика


Колекції баз даних та інструментів				Навчання он-лайн
Колекція баз даних NAR The Bioinformatics Links Directory Колекція ресурсів NCBI Глобальний пошук NCBI Колекція сервісів EMBL-EBI Колекція сервісів ExPASy Енциклопедія KEGG SoftBerry Resources HSLS Online Bioinformatics Resource Collection HarvesterPortal				NCBI-Training & Tutorials NCBI-educational resources NCBI-how to use NCBI-YouTube video EMBL-EBI Training Ensembl Tutorials UCSC-traning PDB-educational resources PDB-screencasts
Шляхи обміну речовин та сигналінгу
				Енциклопедія KEGG Reactome PANTHER NetPath Brenda Enzymes Cofactors MENTHA - Molecular Interactions IMID - Integrated Molecular Interaction Database String-Protein Interactions DIP - Protein Interactions
Геноміка та протеоміка
Геномні браузери		Ensembl (E!) UCSC H-inv
Бази даних		NCBI Gene UniProt DB HGNC GeneCards
Вирівнювання послідовностей та філогенетика
				BLAST NCBI BLAST/BLAT Ensembl BLAT-UCSC	Пошук гомологів та парне вирівнювання
				Cobalt-NCBI Clustal-omega T-Coffee collection MUSCLE Phylogeny collection	Множинне вирівнювання та філогенетика
Структурна біоінформатика
Бази даних: структура білків і функціональні сайти		Protein Data Bank (PDB) Pfam Protein Information Resource PROSITE SIB Resources CATH Gene3D
Передбачення 3D структури та докінг		Swiss-PDB-Viewer CSA-structural alignment I-Tasser Robetta Expasy-collection Bioinformatics Toolkit
Аналіз генної онтології				Дослідження мікроРНК
	AmiGO QuickGO DAVID GeneCodis GOEAST Webgestalt	>> Функціональний аналіз генів з екзонізованою ALU послідовністю/ Доповідь-презентація Т.В.Бараннік на 10-му біохімічному з'їзді, 2010, Одеса		miRBase DianaLab miRWalk miRecords miRror Targetscan-human miROrtho mimiRNA miR-ontology	>> Дослідження мікроРНК / Доповідь-презентація Т.В.Бараннік на 1-му з'їзді з Медичної та біологічної інформатики, 2010, Київ
Світові центри біоінформатики				Міжнародні проекти
International Nucleotide Sequence Database Collaboration The National Center for Biotechnology Information (NCBI) European Bioinformatic Institute (EMBL-EBI) Kyoto University BGI (China) Wellcome Trust Sanger Institute (UK)				1000genomes Human Proteomic Initiative Human Metabolome Project Cancer genome project European Commission -omics initiatives On-line Research Resources

Доповіді на ХІ Українському біохімічному конгресі у Києві, жовтень 2014 р.: >> стендова доповідь студентки біологічного факультету Сапожникової Валерії (БХ-41) >> Усна доповідь доц.Бараннік Т.В. .				>> PERSPECTIVES OF DATABASES AND PROGRAM TOOLS DEVELOPMENT IN BIOINFORMATICS / Пленарна доповідь Бараннік Т.В. на Міжнародній конференції:, TAAPSD'2010, Kiev

Презентація з біоінформатики >>

------------------

Біоінформатика для
4 курсу (спец. Біологія)

>>План занять

>>Практ.1

>>Практ.2

>>Практ.3

>>Практ.4

>>Практ.5

>>Практ.6

----

>>Лекція 7-1

>>Лекція 7-2

>>Лекція 7-3

------------------

>>Д/З -1
Pubmed

>для Д/З-1

>>Д/З -2
Мотиви

>>Д/З -3
Мережі

>>Д/З -4
Ген білку

>білки для Д/З-4

>>Д/З -5
База знань

>>Контрольні питання

-------------------------

Системна Біологія

>>Огляд ресурсів біоінформатики

>>Індивідуальні завдання

>>Практ-5

список 5-1

список 5-2

список 5-3

список 5-4

>>Практ-6

>>Практ-7

BIOMD0000000007.m

BIOMD0000000107.m

>>Практ-8

>>Практ-9

>>Практ-10

>>Практ-11

>>Практ-12

---------

Запрошуємо
студентів 1-2 курсу на науковий гурток
з біоінформатики !
Заняття проходять
на кафедрі біохімії
(ауд.ІІ-9, ІІ-5)

Завдання №4>>

>>Файл для вирівнювання

Завдання №3>>

Приклад
завдання №3>>

Завдання №2>>

Приклад
завдання №2>>

Завдання №1>>

Таблиця для
завдання №1>>

Електронна адреса відповідального за сайт факультету : tbarannik[at]karazin.ua