В 1967 р. при активному сприянні проректора з наукової роботи І.І.Залюбовського і під керівництвом В.С. Творовського створений іхтіологічний стаціонар. В тому же році розпочата наукова робота з вивчення екологічних проблем водойми і оточуючих його біотопів, що продовжується і сьогодні. В роботах з різної тематики активну участь брали як спеціалісти Харківського університету, так і учені всього СРСР. Тоді ж на базі стаціонару починається постійна робота студентів-біологів зі збору матеріалу для дипломних робіт. В 1988 році лабораторія з науково-дослідної частини переводиться до навчальної частини і становиться «Навчальною лабораторією екології водних організмів» при кафедрі зоології і екології тварин, очолює лабораторію В.С. Творовський. Після смерті першого завідуючого, керівництво лабораторією приймає гідробіолог А.Н. Колесник, який очолює лабораторію до 2006 року. З 2006 по 2009 рік лабораторією завідує іхтіолог доцент Г.А.Шандіков, який проводив фауністичні дослідження іхтіофауни. Створення на території Харківської області двох крупних штучних водосховищ дало можливість почати роботи з дослідження особливостей екології гідробіонтів в нових умовах – штучно створених крупних водоймах слабкопроточного типу.

В наш час основними науковими напрямками роботи Лабораторії є екологія водних організмів, іхтіологія, карцинологія, екологія промислових риб і ракоподібних, паразитологія. Щорічно на базі лабораторії готуються до захисту дипломні роботи, проводиться навчальна практика студентів-біологів, проводяться стаціонарні наукові дослідження, розробляються рекомендації з регулювання промислового вилову і зариблення водойми.